Загрявате мазнината в дълбок тиган или тенджера. В загрятата мазнина задушете измитият, изчистен и нарязан на дребно лук, докато омекне. Добавяте нарязаните на дребно, половината домати и каймата, черният пипер и чубрицата, както и една чаена лъжица сол. След като водата от доматите изври добавяте червения пипер. Измивате, почиствате, обелвате и нарязвате на дребни кубчета картофите и ги прибавяте към месото.
Намазнявате тавичка, на дъното на която поставяте другата половина от доматите и върху тях изсипвате сместа за мусака. Добавяте една непълна чаена чаша гореща вода и поставяте в предварително загрята на 200 градуса фурна. Печете докато водата изври, а картофите станат златисти. За заливката разбърквате киселото мляко и яйцата, след което при постоянно бъркане добавяте и брашното, до получаване на гладка смес.
Накрая добавяте и настъргания на дребно кашкавал. Заливате мусаката и печете докато порозовее.